Shopify
This is some text inside of a div block.

Shopify Gebühren richtig buchen: Die Anleitung für SKR03 & SKR04

Zusammenfassung Dieser Seite
Automatisiere deine DATEV-Buchhaltung mit pathway

Unsere Shopify App sorgt für eine schnelle, automatische und rechtskonforme Buchhaltung, die perfekt auf DATEV abgestimmt ist.

Automatisierter Datenimport

Export aller Rechnung, Erlöse & Zahlungen

GoBD-konform

Zuletzt aktualisiert am:
21.01.2026

Wenn du deinen Shopify-Store startest, ist das Gefühl beim ersten Sale unbeschreiblich. Doch spätestens am Monatsende folgt oft die Ernüchterung, wenn du auf dein Bankkonto schaust: Der Betrag, den Shopify dir überwiesen hat, stimmt nicht mit deinem Umsatz im Dashboard überein.

Der Grund? Shopify Gebühren.

Shopify behält Transaktionskosten oft direkt ein und überweist dir nur den Nettobetrag. Das stellt dich (oder deine Buchhaltung) vor ein Problem: Du musst diese Differenz sauber verbuchen, sonst stimmt am Ende weder dein Umsatz noch deine Steuererklärung.

In diesem Beitrag zeigen wir dir, wie du Shopify Gebühren im SKR03 und SKR04 richtig zuordnest – und wie du dir das Leben leichter machst.

Eiliger Leser? Wenn du keine Lust hast, Gebühren händisch auszurechnen und Buchungskonten zu wälzen, kannst du diesen Prozess komplett automatisieren. Unsere Schnittstelle für Shopify Buchhaltung & DATEV holt alle Daten, splittet Gebühren automatisch und liefert fertige Buchungssätze an deinen Steuerberater.

Kurz erklärt für Einsteiger: Was sind eigentlich SKR03 und SKR04?

Bevor wir uns in die Buchungssätze stürzen, kurz zur Aufklärung, falls du dich fragst: „Was bedeuten diese Kürzel überhaupt?“

SKR steht für Standardkontenrahmen. Stell dir das vor wie ein genormtes Regalsystem für deine Belege, das fast alle Steuerberater und Buchhaltungsprogramme (wie DATEV) nutzen. Es gibt jedem „Ding“ in deiner Firma (Büromaterial, Umsatz, Porto, Gebühren) eine feste Nummer.

  • SKR03: Ist nach Prozessen sortiert (z. B. Geldfluss vom Einkauf zum Verkauf). Er ist oft bei kleineren und mittelständischen Firmen beliebt.
  • SKR04: Ist nach der Bilanzstruktur sortiert (Aktiva und Passiva). Er wirkt für Laien oft etwas logischer strukturiert.

Welchen du nutzt, entscheidet meist dein Steuerberater. Frag im Zweifel einfach kurz nach, bevor du anfängst zu buchen!

Die Herausforderung: Das Netto-Problem bei Shopify Payments

Das Hauptproblem beim Shopify Gebühren buchen: Shopify (speziell Shopify Payments) agiert wie ein Treuhänder. Ein Kunde kauft für 100 € bei dir ein. Shopify zieht sofort 2,50 € Gebühren ab und überweist dir später 97,50 €.

Der klassische Anfängerfehler: Du buchst einfach 97,50 € als Einnahme. Das ist falsch! Denn steuerlich hast du 100 € Umsatz gemacht. Die 2,50 € sind Betriebsausgaben. Du musst beides getrennt erfassen („Brutto-Verbuchung“), sonst drohen Fehler in der Umsatzsteuervoranmeldung.

Welche Shopify Gebühren musst du beachten?

Nicht alle Gebühren sind gleich. Wir unterscheiden meist drei Arten:

  1. Abo-Gebühren (Subscription Fees): Deine monatliche Grundgebühr an Shopify.
  2. Transaktionsgebühren: Kosten, die pro Verkauf durch Shopify Payments oder Paypal entstehen.
  3. App- & Drittanbieter-Kosten: Gebühren für Plugins oder externe Tools.

Sonderfall: Shopify POS Gebühren

Nutzt du Shopify auch im Laden (Shopify POS)? Dann aufgepasst: Auch hier fallen bei Kartenzahlungen Shopify POS Gebühren an, die direkt vom Umsatz abgezogen werden. Auch diese müssen in der Buchhaltung wieder „herausgerechnet“ werden.

Praxis-Guide: So buchst du Shopify Gebühren manuell

Wichtiger Disclaimer: Wir sind Experten für Datenautomatisierung, aber keine Steuerberater. Bitte sprich die endgültigen Konten immer mit deiner Kanzlei ab.

Wenn du deine Buchhaltung noch manuell machst, sind hier die gängigen Konten, die du benötigst. Wir buchen die Gebühren in der Regel als „Nebenkosten des Geldverkehrs“.

Shopify-Gebühren buchen SKR03

Im SKR03 nutzt du meist das Konto 4970.

  • Buchungssatz: 4970 (Nebenkosten des Geldverkehrs) an 1200 (Bank/Verrechnungskonto).

Shopify-Gebühren buchen SKR04

Nutzt du den SKR04, ist das Standardkonto meist die 6855.

  • Buchungssatz: 6855 (Nebenkosten des Geldverkehrs) an 1800 (Bank/Verrechnungskonto).

Achtung: Umsatzsteuer & Reverse Charge

Ein Stolperstein ist die Shopify Gebühren Umsatzsteuer. Da Shopify seinen europäischen Sitz in Irland hat, erhältst du als B2B-Kunde meist eine Netto-Rechnung (ohne ausgewiesene Steuer). Hier greift das Reverse-Charge-Verfahren (§13b UStG). Das bedeutet: Du musst die Umsatzsteuer in Deutschland fiktiv anmelden und ziehst sie gleichzeitig als Vorsteuer wieder ab. Dein Buchungskonto muss also mit dem richtigen Steuerschlüssel versehen sein, damit das Finanzamt Bescheid weiß.

Pro-Tipp: Ohne saubere Belege keine Buchung

Bevor du überhaupt ans Buchen denkst, benötigst du saubere Ausgangsrechnungen für deine Kunden. Denn ohne Beleg keine Buchung (GoBD!). Shopify selbst erstellt standardmäßig oft keine rechtskonformen Rechnungen.

Hier hilft dir unser Rechnungsprinter Pro für Shopify. Die App erstellt vollautomatisch GoBD-konforme Rechnungen und Lieferscheine direkt aus deinen Shopify-Daten und versendet sie an deine Kunden – im Design deiner Marke. Damit hast du die saubere Basis für deine Buchhaltung gelegt.

Die Skalierungs-Falle: Wann manuelle Buchhaltung an ihre Grenzen stößt

Die oben genannten Buchungssätze funktionieren super – solange du nur eine Handvoll Bestellungen im Monat hast. Aber sobald dein Shop wächst, wird das manuelle Shopify Kosten buchen schnell zur unlösbaren Aufgabe:

  • Payment Matching: Shopify überweist Gelder oft gebündelt (Payouts) für mehrere Tage. Herauszufinden, welche Gebühr zu welcher Bestellung gehört, kostet Stunden.
  • Fehleranfälligkeit: Ein Zahlendreher im SKR03 oder SKR04 und die Bilanz stimmt nicht.
  • Kosten beim Steuerberater: Wenn deine Kanzlei das händisch sortieren muss, wird die Rechnung für die Buchführung schnell sehr teuer.

Die Lösung: Automatisierung mit pathway

Statt Excel-Tabellen zu wälzen, kannst du den Prozess komplett an uns übergeben. Die pathway Shopify App verbindet deinen Shopify Store direkt mit der DATEV-Welt deines Steuerberaters.

  1. Automatisches Splitting: Wir trennen Umsatz und Gebühren vollautomatisch.
  2. SKR-Sicherheit: Egal ob Shopify buchen SKR03 oder SKR04 – wir liefern den passenden Datensatz.
  3. OSS & Reverse Charge: Wir berücksichtigen steuerliche Besonderheiten automatisch.

So wird aus tagelanger Arbeit ein Prozess, der im Hintergrund läuft.

Willst du deine Buchhaltung endlich stressfrei machen? Dann schau dir jetzt an, wie einfach die Anbindung funktioniert!

Autor dieses Beitrags
Ricardo Christ

Ricardo Christ ist Tax Partnership Manager bei pathway und verbindet seine frühere Erfahrung aus der Steuerkanzlei mit digitaler Prozesskompetenz. Er arbeitet eng mit Steuerberater:innen zusammen, baut Partnerschaften auf und unterstützt Kanzleien dabei, E-Commerce-Mandate sicher, effizient und automatisiert abzuwickeln.

Zum Autorenprofil

FAQ – häufige Fragen zu Shopify Gebühren & Buchhaltung

Auf welches Konto buche ich Shopify Gebühren im SKR03?

Im Kontenrahmen SKR03 werden Transaktionsgebühren (z. B. von Shopify Payments oder PayPal) häufig auf das Konto 4970 (Nebenkosten des Geldverkehrs) gebucht. Wichtig ist hierbei oft die Berücksichtigung des Reverse-Charge-Verfahrens, da Shopify seinen Sitz im Ausland hat.

Welches Konto nutze ich für Shopify Gebühren im SKR04?

Wenn du den SKR04 nutzt, ist das Äquivalent meist das Konto 6855 (Nebenkosten des Geldverkehrs). Auch hier gilt: Sprich die genaue Kontierung und den Steuerschlüssel immer mit deinem Steuerberater ab.

Warum weicht meine Shopify-Auszahlung vom Umsatz ab?

Shopify behält die Transaktionsgebühren (und ggf. Rückerstattungen) oft direkt ein und überweist dir nur den verbleibenden Nettobetrag (Payout). Buchhalterisch darfst du jedoch nicht nur diesen Auszahlungsbetrag erfassen, sondern musst Umsatz (brutto) und Gebühren (Ausgabe) getrennt verbuchen.

Wie gehe ich mit der Umsatzsteuer bei Shopify Gebühren um?

Da Shopify (für europäische Händler meist Shopify International Ltd.) in Irland sitzt, erhältst du als Unternehmer in der Regel eine Netto-Rechnung ohne ausgewiesene Umsatzsteuer. Hier greift das Reverse-Charge-Verfahren (Umkehrung der Steuerschuldnerschaft). Du musst die Umsatzsteuer in Deutschland anmelden und kannst sie als Vorsteuerabzugsberechtigter gleichzeitig wieder abziehen.

Wie bekomme ich GoBD-konforme Rechnungen aus Shopify?

Shopify selbst erstellt oft nur einfache Belege. Für eine saubere Buchhaltung und korrekte Rechnungen an deine Kunden empfiehlt sich eine Erweiterung wie der Rechnungsprinter Pro von pathway. Dieser erstellt automatisch rechtssichere Rechnungen und Lieferscheine passend zu deinen Bestellungen.

Lohnt sich eine Automatisierung der Shopify-Buchhaltung?

Sobald du mehr als nur wenige Bestellungen pro Monat hast, lohnt sich eine Automatisierung fast immer. Manuelles Zuordnen von Zahlungen und Gebühren ist extrem fehleranfällig und zeitintensiv. Eine Schnittstelle für Shopify Buchhaltung & DATEV wie die von pathway überträgt alle Daten (Umsätze, Gebühren, Refunds) automatisch und korrekt kontiert an DATEV.

Die stressfreie Lösung für deine DATEV-Buchhaltung

24 h Kundensupport

Monatlich kündbar

In 15 Minuten eingerichtet

Automatisiere jetzt deine Buchhaltung mit pathway

pathway verarbeitet alle Daten für dich – sauber, zuverlässig und jeden Monat fehlerfrei.

24 h Kundensupport

Monatlich kündbar

In 15 Minuten eingerichtet

24 h Kundensupport

Monatlich kündbar

In 15 Minuten eingerichtet

24 h Kundensupport

Monatlich kündbar

In 15 Minuten eingerichtet