E-Commerce
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Shopify Zahlungsmethoden & Zahlungsanbieter im Vergleich - Die besten Optionen & Tipps für deine Buchhaltung

Zusammenfassung Dieser Seite
Automatisiere deine DATEV-Buchhaltung mit pathway

Unsere Shopify App sorgt für eine schnelle, automatische und rechtskonforme Buchhaltung, die perfekt auf DATEV abgestimmt ist.

Automatisierter Datenimport

Export aller Rechnung, Erlöse & Zahlungen

GoBD-konform

Im E-Commerce ist die Wahl des passenden Zahlungsanbieters entscheidend. Besonders für Shopify-Shops stellt sich oft die Frage:

  • Welcher Zahlungsdienstleister lohnt sich wirklich?
  • Und wie behält man bei unterschiedlichen Zahlungen, Gebühren und Auszahlungen den Überblick in der Buchhaltung?

Dieser Artikel zeigt, welche Shopify-Zahlungsmethoden und Zahlungsmöglichkeiten es gibt, worin sich die Anbieter unterscheiden und wie Online-Händler ihre Buchhaltung auf der E-Commerce-Plattform Shopify effizient automatisieren können.

„Je mehr Zahlungsanbieter ein Unternehmen nutzt, desto wichtiger wird ein klarer Buchungsprozess dahinter – sonst wird aus Wachstum schnell Chaos.“

So behältst du bei Zahlungen und Gebühren in Shopify den Überblick

Jede Zahlung im Online-Shop hinterlässt Spuren: Transaktionen über PayPal, Stripe, Klarna oder Shopify Payments müssen sauber verbucht werden, damit die Buchhaltung GoBD-konform bleibt und der DATEV-Export reibungslos funktioniert.

Gerade hier zeigt sich, wie komplex der Mix aus Online-Zahlungsanbietern, Bezahlmethoden und Shopify-Zahlungsmethoden sein kann. Jeder Anbieter hat eigene Gebührenmodelle, Auszahlungszyklen und Zahlungsarten. Ohne Automatisierung wird daraus schnell ein manueller Buchhaltungs-Marathon, der in wachsenden Online-Shops viel Zeit kostet und fehleranfällig ist.

➡️ Mit pathway lässt sich dieser Aufwand vermeiden: Zahlungen, Einbehalte, Gebühren und Rückerstattungen werden automatisch ausgelesen, korrekt zugeordnet und direkt an DATEV übergeben – unabhängig davon, welchen Payment Service Provider du nutzt. Das spart Zeit, schafft Transparenz und bringt echte Vorteile für deine digitale Buchhaltung.

Was ist der Unterschied zwischen Zahlungsanbieter und Zahlungsdienstleister?

Begriffe wie Zahlungsanbieter, Zahlungsdienstleister oder Payment Service Provider (PSP) werden häufig synonym verwendet, meinen aber nicht immer dasselbe. Der Unterschied liegt in der rechtlichen Definition und im Funktionsumfang.

Zahlungsdienstleister (rechtlich reguliert)

Ein Zahlungsdienstleister ist ein Unternehmen, das nach dem Zahlungsdiensteaufsichtsgesetz (ZAG) zugelassen und von der BaFin beaufsichtigt wird. Es darf Zahlungen im Auftrag von Händlern abwickeln, Konten führen und Gelder weiterleiten.

Beispiele: Stripe, PayPal, Klarna, Mollie, Adyen (alle sind bei pathway angebunden)

Diese Anbieter übernehmen die gesamte Zahlungsabwicklung – vom Geldeingang bis zur Auszahlung an den Händler.

Zahlungsanbieter (technisch-funktional)

Der Begriff Zahlungsanbieter ist weiter gefasst. Darunter fallen auch Plattformen, Plugins oder Gateways, die Zahlungen ermöglichen, aber selbst keine Lizenz als Finanzdienstleister besitzen. Sie bieten oft nur die technische Verbindung zwischen Shop-System und Zahlungsdienstleister – etwa in Form einer Shopify-Integration.

Bezahldienste im E-Commerce

Im Alltag spricht man meist von Bezahldiensten oder Online-Zahlungsanbietern, wenn man über Zahlungsmethoden wie Kreditkarte, Kauf auf Rechnung, Sofortüberweisung oder Apple Pay spricht. Diese werden von den eigentlichen Zahlungsdienstleistern bereitgestellt und in Shop-Systeme wie Shopify integriert.

Shopify: Zahlungsanbieter-Optionen und Folgen für die Buchhaltung

Für Shopify-Händler bedeutet das:

  • Du kannst entweder Shopify Payments (den integrierten Zahlungsdienstleister) nutzen oder externe Anbieter wie Stripe, PayPal oder Klarna anbinden.
  • Jeder Anbieter hat eigene Gebühren, Buchungslogiken und Auszahlungsintervalle.
  • Wer mehrere Anbieter kombiniert, muss Zahlungen systematisch abgleichen, um keine Differenzen in der Buchhaltung zu riskieren.

➡️ GoBD-konforme Buchhaltung trotz verschiedener Anbieter:

pathway automatisiert die Verbuchung aller Transaktionen aus Shopify Payments, Stripe, Klarna und Co. – fehlerfrei, transparent und direkt im DATEV-Format. Zudem erstellt auch der Rechnungsprinter GoBD konforme Rechnungen (Verlinkung auf blogartikel)

Welche Zahlungsanbieter gibt es für E-Commerce & Shopify?

Die Wahl der Shopify-Zahlungsmethoden beeinflusst nicht nur das Einkaufserlebnis, sondern auch die Buchhaltung, Auszahlungen und Gebührenstruktur.

Die wichtigsten Zahlungsanbieter im Überblick

  • Shopify Payments – die hauseigene Lösung von Shopify, betrieben über Stripe. Sie ist vollständig ins System integriert und unterstützt gängige Zahlungsmethoden wie Kreditkarte, Apple Pay und Google Pay.
  • In Ländern wie Deutschland, Österreich und der Schweiz basiert Shopify Payments technisch auf Stripe – eine separate Stripe-Integration ist dort daher nicht möglich. Wer Shopify Payments nutzt, benötigt kein eigenes Stripe-Konto; Zahlungen, Auszahlungen und Rückerstattungen werden direkt über das Shopify-Dashboard verwaltet.
  • PayPal – einer der bekanntesten Bezahldienstleister weltweit, von vielen Kunden bevorzugt wegen der einfachen Nutzung und des Käuferschutzes. PayPal lässt sich in Shopify leicht integrieren und ist für Käufer oft die schnellste Option. Zudem bietet PayPal in Deutschland PayPal Business Kredite an – eine beliebte Finanzierungsmöglichkeit, die vor allem von schnell wachsenden Unternehmen genutzt wird. Allerdings lohnt sich ein genauer Blick auf die Konditionen: die Kredite sind in der Regel recht kostspielig.
  • Klarna – stark in Europa vertreten und besonders beliebt wegen der flexiblen Zahlungsarten wie Rechnungskauf, Ratenzahlung und Sofortüberweisung. Für Händler bietet Klarna eine höhere Conversion-Rate, da Kunden erst nach Erhalt der Ware bezahlen.
  • Stripe – ein internationaler Zahlungsdienstleister, der außerhalb der Shopify-Payments-Länder häufig direkt genutzt wird. Stripe ist bekannt für seine Entwicklerfreundlichkeit, API-Integration und Unterstützung zahlreicher Währungen.
  • Shopify-Händler in Ländern ohne Shopify Payments können Stripe direkt anbinden. In Shopify-Payments-Ländern ist Stripe dagegen nur über Shopify Payments aktiv.
  • Mollie – besonders beliebt bei europäischen Händlern. Der Anbieter unterstützt viele lokale Zahlungsmethoden wie iDEAL, SEPA oder Bancontact und ist ideal für Händler, die in mehreren europäischen Märkten aktiv sind.
  • Ayden - ein internationaler Zahlungsanbieter, der vor allem von größeren Marken und Enterprise-Händlern genutzt wird. Die Plattform vereint Online-, In-App- und POS-Zahlungen in einem System und bietet umfangreiche Risikomanagement- und Reportingfunktionen. Dank eigener Lizenzen in vielen Ländern eignet sich Adyen besonders für international agierende Shops, während kleinere Händler die Lösung oft als zu komplex oder teuer im Einstieg empfinden.
  • Amazon Pay – ermöglicht es Kunden, mit ihren bestehenden Amazon-Zugangsdaten zu bezahlen. Das schafft Vertrauen, reduziert Kaufabbrüche und erhöht die Conversion-Rate – besonders bei neuen Shops.

✅ Regulatorischer Check: Shopify Payments basiert auf Stripe und ist daher in Deutschland bereits vollständig BaFin-konform.

Besonderheiten bei Shopify Payments

Shopify Payments hat eine eigene Gebührenstruktur: Die Transaktionskosten hängen vom gewählten Shopify-Plan ab und liegen in der Regel zwischen 1,4 % + 0,25 € und 2,9 % + 0,25 € pro Zahlung.

Verwendest du stattdessen einen externen Zahlungsanbieter, erhebt Shopify zusätzlich eine Transaktionsgebühr (0,5 % – 2 %) für die Nutzung von Fremdanbietern.

Damit ist Shopify Payments meist die einfachste und kosteneffizienteste Lösung, wenn du keine komplexe Multi-Channel-Strategie verfolgst.

Wer hingegen über mehrere Plattformen wie Amazon, TikTok Shop oder WooCommerce verkauft, profitiert oft von der Flexibilität externer Zahlungsdienstleister wie Mollie oder Klarna – insbesondere, wenn alle Zahlungsdaten anschließend zentral mit pathway verbucht werden.

➡️ Tipp: Wer mehrere Anbieter parallel nutzt, muss Zahlungen, Gebühren und Auszahlungen oft manuell abgleichen – ein zeitintensiver Prozess. Mit pathway lassen sich alle Zahlungsdaten automatisch erfassen, zuordnen und GoBD-konform im DATEV-Format exportieren.

So integrierst du Zahlungsanbieter in Shopify

Alle großen Zahlungsanbieter wie PayPal, Klarna, Stripe oder Mollie lassen sich über vorkonfigurierte Schnittstellen direkt in Shopify integrieren – meist in wenigen Minuten.

Wer jedoch mehrere Verkaufskanäle nutzt, etwa Amazon, TikTok Shop oder WooCommerce, muss Zahlungsdaten aus verschiedenen Quellen zusammenführen. Dabei entstehen leicht Abweichungen bei Gebühren, Refunds oder Auszahlungen.

„Automatisierung spart nicht nur Zeit, sie sorgt dafür, dass Zahlen endlich das tun, was sie sollen: Klarheit schaffen statt Kopfzerbrechen.“

Gebühren und Kosten der wichtigsten Zahlungsdienstleister im Überblick

Die folgende Übersicht zeigt, wie sich die bekanntesten Zahlungsanbieter im E-Commerce in puncto Gebühren, Integration und Einsatzgebiet unterscheiden. Die Werte basieren auf den offiziellen Preisseiten der Anbieter (Stand: 2025) und dienen als Orientierung. Individuelle Konditionen können je nach Umsatz und Vertragsmodell variieren.

💡 Praxis-Tipp: Prüfe regelmäßig, ob dein Zahlungsanbieter neue Gebührenmodelle anbietet – kleine Änderungen summieren sich schnell.

Anbieter Gebühren (ca.) Integration in Shopify Vorteile Nachteile
Shopify Payments ab 1,4 % + 0,25 € Nahtlos integriert Einfache Einrichtung, geringe Zusatzgebühren Nur mit Shopify nutzbar
Stripe 1,4 – 2,9 % Sehr flexibel, API-basiert Viele Währungen, starke Entwickler-Tools Technischer Setup erforderlich
PayPal 2,49 – 2,99 % Standard-Integration Hohe Kundenakzeptanz, Käuferschutz Höhere Gebühren
Klarna 1,9 – 2,9 % + 0,35 € Über App-Integration Beliebt in DACH, Raten- & Rechnungskauf Auszahlung kann verzögert sein
Mollie 1,8 – 2,9 % Plug-and-Play-Integration Viele europäische Zahlungsmethoden Weniger verbreitet außerhalb Europas
Adyen ab 1,5 % + 0,11 € Über API oder Drittanbieter-App Einheitliche Plattform für Online-, POS- und In-App-Zahlungen, ideal für internationale Händler Höherer Implementierungsaufwand, für kleinere Shops oft zu komplex
Amazon Pay 1,9 – 2,7 % + 0,35 € Über API oder Plug-in Hohe Vertrauensbasis, schnelle Zahlungen Eingeschränkte Anpassbarkeit

Automatisierte Buchhaltung mit pathway

Wer schon einmal PayPal, Klarna und Stripe gleichzeitig im Shopify-Dashboard hatte, weiß: Die Buchhaltung kann schnell zum Zahlendschungel werden.

Mit pathway wird die Buchhaltung für deinen Shopify-Shop vollständig automatisiert. Die Software verbindet sich direkt mit Shopify Payments, Stripe und PayPal, liest alle relevanten Transaktionsdaten aus und erstellt einen GoBD-konformen DATEV-Export.

Gerade bei mehreren Zahlungsanbietern ist der manuelle Abgleich zwischen Zahlungen, Gebühren und Auszahlungen fehleranfällig und zeitintensiv. pathway automatisiert diesen Prozess: Jede Transaktion wird der richtigen Bestellung zugeordnet, Gebühren und Währungsdifferenzen werden erkannt, und die fertigen Buchungssätze direkt an DATEV übergeben.

Der richtige Zahlungsanbieter für deinen Shopify-Shop

Welcher Zahlungsanbieter zu deinem Shopify-Shop passt, hängt stark von deinem Geschäftsmodell ab.

  • Shopify Payments: Für die meisten Händler in Deutschland ist Shopify Payments die naheliegende Wahl. Vorteile sind die direkte Integration, die Kosteneffizienz und die Verbuchung im Shopify System.
  • PayPal: Der beliebte Zahlungsdienstleister ergänzt diese Lösung ideal, da er für Käufer das höchste Vertrauen bietet und im Checkout häufig für bessere Conversion-Rates sorgt.
  • Stripe: Wenn du international verkaufst oder Shopify Payments in deinem Land nicht verfügbar ist, kann Stripe eine sinnvolle Alternative sein. Der Zahlungsdienstleister bietet hohe Flexibilität, unterstützt zahlreiche Währungen und ist stark API-basiert.

Unabhängig vom Anbieter gilt: Die Buchhaltung wird mit mehreren Zahlungsströmen schnell komplex. pathway sorgt dafür, dass alle Zahlungen, Gebühren und Rückerstattungen automatisch zusammengeführt, korrekt verbucht und im DATEV-Format exportiert werden

➡️ Jetzt pathway testen und deine Shopify-Buchhaltung automatisieren. Für weniger Aufwand und saubere Daten in allen Systemen.

Häufige Fragen zu Zahlungsanbietern im E-Commerce

Welche Zahlungsanbieter gibt es für Shopify?

Zu den bekanntesten Zahlungsanbietern für Shopify zählen Shopify Payments, PayPal, Klarna, Stripe, Mollie und Amazon Pay. In Deutschland ist Shopify Payments meist die Standardlösung, da sie direkt integriert ist. Stripe läuft hier im Hintergrund von Shopify Payments und kann nicht zusätzlich extern verwendet werden.

Wie hoch sind die Gebühren bei Shopify Payments?

Die Gebühren bei Shopify Payments hängen vom gewählten Shopify-Plan ab.

Sie liegen in der Regel zwischen 1,4 % + 0,25 € und 2,9 % + 0,25 € pro Transaktion.

Wer externe Zahlungsanbieter nutzt, zahlt zusätzlich eine Shopify-Transaktionsgebühr zwischen 0,5 % und 2 %.

Wie funktioniert die Buchhaltung bei mehreren Zahlungsanbietern?

Nutzen Händler mehrere Zahlungsdienstleister, entstehen unterschiedliche Auszahlungszyklen, Gebühren und Rückerstattungen. Das macht die manuelle Buchhaltung aufwendig und fehleranfällig.

Mit pathway werden alle Zahlungsdaten aus Shopify Payments, PayPal und Stripe automatisch erfasst, korrekt zugeordnet und GoBD-konform im DATEV-Format exportiert.

Muss ich als Händler Zahlungsanbieter in der Buchhaltung getrennt erfassen?

Ja, jeder Zahlungsanbieter hat eigene Gebühren, Auszahlungszeiträume und Kontenbewegungen. Für eine saubere Buchhaltung müssen diese getrennt verbucht werden, um Abweichungen zu vermeiden. Mit pathway geschieht das automatisch: Die Software erkennt, welche Transaktion zu welchem Zahlungsdienstleister gehört, und erstellt daraus vollständige Buchungssätze.

Was ist ein Payment Service Provider (PSP)?

Ein Payment Service Provider (PSP) ist ein technischer Zahlungsdienstleister, der verschiedene Bezahlmethoden bündelt und für Händler zentral verwaltet.

Beispiele sind Stripe, Mollie oder Adyen. Sie übernehmen die sichere Zahlungsabwicklung, das Risikomanagement und die Kommunikation zwischen Shop, Bank und Kunde.

Autor dieses Beitrags
Angelina Wolf

Angelina Wolf ist Content Marketeer bei pathway und sorgt dafür, dass selbst komplexe Themen wie Shopify-Buchhaltung, DATEV-Export und Automatisierung verständlich und greifbar werden. Sie schreibt über das, was Händler:innen, Steuerberater:innen und E-Commerce-Teams wirklich bewegt – mit Fokus auf Klarheit, Humor und echten Impact statt Buzzwords.

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